防衛医科大学校医学研究科（以下｢研究科｣という）は、急速に進歩・発展する医学・医療の水準に対応するため、最新の医学を踏まえた高度の研究能力及び指導的能力を有する自衛隊医官等を育成し、自衛隊の保健・医療水準の維持・向上に資することを目的とし、学校教育法（昭和22年法律第26号）に基づく大学院医学研究科博士課程に相当する卒後教育体制強化の一環として、昭和62年6月20日｢防衛庁設置法｣（昭和29年法律第164号）第18条第3項及び｢防衛医科大学校の編制等に関する内閣府令｣（昭和48年総理府令第65条）第2条の2の規定に基づき、医学教育部に設置され、昭和62年10月1日から教育を開始した。
また、研究科は、平成3年8月30日学位授与機構（平成28年4月1日から｢独立行政法人 大学改革支援･学位授与機構｣に名称変更。以下、｢機構｣という）から、学位規則（昭和28年文部省令第9号）第6条第2項に規定する大学院の博士課程に相当する教育を行う課程として認定され、本校研究科を修了した者は、機構が実施する論文審査及び試験に合格することにより、博士の学位が授与されることとなり、第1期から第26期までの修了者全員がこれに合格し、博士の学位が授与されている。

研究科における教育訓練は、医学に関する高度の研究能力及び豊かな学識を授けることを目的とし、大学院設置基準（昭和49年文部省令第28号）に準拠して実施することとしている。

次の各号の一に該当する自衛隊員のうちから、大臣官房長、防衛省本省の施設等機関の長、統合幕僚長、陸上幕僚長、海上幕僚長、航空幕僚長、統合幕僚学校長、情報本部長、防衛監察監、地方防衛局長又は防衛装備庁長官（以下｢所属長｣という）が推薦する者