1. 医師国家試験
   　本校の医学科学生は、卒業後、直ちに医科幹部候補生（曹長）となって、約６週間、各自衛隊の幹部候補生学校において、幹部自衛官として必要な教育訓練を受けたうえ、医師国家試験に合格した者には、医師免許が与えられるとともに幹部自衛官（２尉）となります。
   
   
2. 初任実務研修・専門研修
   　総合臨床医として必要な診療各科にわたる基本的知識及び技能を修得するため、本校及び自衛隊中央病院において初任実務研修（医師法に定める２年間の臨床研修）を行った後は、約２年間部隊等において勤務することとなりますが、この間に、初級幹部自衛官としての教育が行われます。
   　この後、医学の専門分野に関する知識及び技能を錬磨し、医師としての資質の向上を図るために、更に２年間（一部では３年間）の専門研修が行われております。
   
   
3. 医学研究科（医学研究課程）
   　本校を卒業した医官等に対して、近代医学に立ち後れることのないように医学の現状及び将来に対応しうる医学研究能力と指導的能力を修得させ、自衛隊の保健・医療水準の向上を図るため、学校教育法に基づく大学院医学研究科（博士課程）に相当する医学研究科（医学研究課程）が本校に設置され、修業年限４年の教育が行われております。
   　なお、医学研究科の学生の定員は１２０名であり、学生数は、１学年につき３０名を基準としています。
   
   　その系列・専攻分野は、次のとおりです。
   

   ┏ 解剖学 Anatomy   ┏ 総合生理学系━━━━━━ ━┫ 生理学 Physiology   ┃ Physiology Courses ┃ 生化学 Biochemistry   ┃ ┃ 薬理学 Pharmacology   ┃   ┗ 医用電子工学   ┃     Medical Electronics 総合基礎医学群 ━┫       Basic Science Courses ┃   ┏ 病理学 Pathology ┣ 総合病理学系━━━━━━ ━┫ 微生物・免疫学 Microbiology   ┃ Pathology Courses ┗ 寄生虫学 Parasitology   ┃         ┃   ┏ 衛生 Hygiene   ┗ 総合社会・環境医学系━━ ━┫ 公衆衛生学 Public Health     Sociology and Environmental Medicine Courses ┗ 法医学 Forensic Medicine               ┏ 総合内科学 General Medicine       ┃ 外科系プライマリー・ケアー学       ┃ Surgical Primary Care   ┏ 救急医学及び ┃ 救急医学 Emergency Medicine   ┃ 　プライマリー・ケアー医学系 ━┫ 集団臨床医学   ┃ Emergency Medicine and Primary Care Medicine Courses ┃ Group Clinical Medicine   ┃ ┃ 臨床病理学 Clinical Pathology   ┃   ┃ 麻酔・蘇生医学   ┃   ┃ Anesthesiology / Resuscitation 総合臨床医学群 ━┫   ┗ 成長発達臨床医学 Clinical Science Cours ┃     Growth and Developmental Medicine ┃         ┃   ┏ 循環器病学 Cardiology   ┃   ┃ 呼吸器病学 Pulmonary Medicine   ┃   ┃ 消化器病学 Gastroenterology   ┃   ┃ 腎臓学 Nephrology   ┗ 成人医学系━━━━━━━ ━┫ 内分泌・代謝病学     Clinical Medicine Courses ┃ Endocrinology / Metabolism       ┃ アレルギー・膠原病学       ┃ Allergy / Rheumatology       ┃ 血液病学 Hematology       ┃ 神経病学 Neutology       ┃ 精神科学 Psychiatry       ┃ 整形外科学 Orthopedics       ┃ 皮膚科学 Dermatology       ┃ 泌尿器科学 Urology       ┃ 眼科学 Ophthalmology       ┃ 耳鼻いんこう科学       ┃ Otorhinolaryngology       ┃ 産科婦人科学       ┃ Obstetrics and Gynecology       ┃ 放射線医学 Radiology       ┗ 口くう外科学         Oral and Maxillofacial Surgery

   
   
4. 償還金等
   　本校医学科の卒業生は、卒業後９年間を経過するまでは、隊員として勤続するよう努めなければならず、この期間内に離職する場合には、償還金を償還しなければなりません。

　本校医学科及び医学研究科は、平成３年８月学位授与機構（平成12年4月1日から「大学評価・学位授与機構」に改組。平成16年４月１日に独立行政法人）から学位規則に規定する大学の学部及び大学院の博士課程に相当する教育を行う課程として認定され、医学科を卒業した者には学士が、また医学研究科を修了した者には博士の学位が、それぞれ独立行政法人大学評価・学位授与機構が行う審査に合格した者に授与されます。