本校の医学科は、医師である幹部自衛官となるべき者の教育訓練を行うものであり、その教育は、進学課程と専門課程及び訓練課程を通じて一貫した教育を行い、自衛隊医官の特性を基調とした人格、識見ともに優れた有能な総合臨床医の養成を目標としており、その修業年限は６年です。
　６年間の教育では、教育訓練及び規律ある団体生活等のあらゆる機会を通じて、医の倫理に徹し、生命の尊厳を深く認識させるとともに自主的精神、規律ある態度及び責任感をもって行動する気風並びに強健な体力とおう盛な気力を養い、医師である幹部自衛官としての職責を尽くし得る性格を育成します。
　また、医学研究科においては、専攻分野における近年の進展著しい医学の現状並びに将来に対応した研究活動を行うに必要な高度の研究能力及びその基礎となる豊かな学識の育成を目標としており、その修業年限は４年です。